Table 5 |
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Concordance values by techniques and HPV type |
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GENOTYPE |
LA vs. LQ/RH |
LQ |
RH |
LA vs. PS |
PS |
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(n) |
(n) |
kappa (95% CI) |
McNemar's p-value |
(n) |
kappa (95% CI) |
McNemar's p-value |
(n) |
(n) |
kappa (95% CI) |
McNemar's p-value |
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HPV 16 |
90 |
93 |
0.898 (0.845 - 0.952) |
0.581 |
91 |
0.898 (0.844 - 0.952) |
1.000 |
90 |
73 |
0.825 (0.753 - 0.896) |
0.000 |
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|
HPV 16 SI |
36 |
51 |
0.720 (0.608 - 0.832) |
0.001 |
60 |
0.658 (0.543 - 0.772) |
0.000 |
81 |
69 |
0.806 (0.728 - 0.883) |
0.017 |
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|
HPV 16 MI |
54 |
42 |
0.581 (0.455 - 0.707) |
0.058 |
31 |
0.473 (0.335 - 0.611) |
0.000 |
9 |
4 |
0.452 (0.114 - 0.790) |
0.125 |
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|
HPV 18 |
20 |
25 |
0.736 (0.588 - 0.885) |
0.227 |
22 |
0.795 (0.658 - 0.933) |
0.727 |
20 |
14 |
0.751 (0.586 - 0.916) |
0.070 |
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|
HPV 18 SI |
5 |
8 |
0.607 (0.292 - 0.923) |
0.375 |
9 |
0.562 (0.249 - 0.876) |
0.219 |
13 |
12 |
0.708 (0.502 - 0.914) |
1.000 |
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|
HPV 18 MI |
15 |
17 |
0.538 (0.324 - 0.752) |
0.791 |
13 |
0.626 (0.412 - .840) |
0.754 |
7 |
2 |
0.439 (0.035 - 0.842) |
0.063 |
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|
HPV 45 |
9 |
11 |
0.897 (0.754 - 1.000) |
0.500 |
9 |
0.886 (0.728 - 1.000) |
1.000 |
9 |
8 |
0.818 (0.617 - 1.000) |
1.000 |
|
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|
HPV45 SI |
5 |
6 |
0.907 (0.727 - 1.000) |
1.000 |
5 |
1.00 (1.000 - 1.000) |
1.000 |
7 |
6 |
0.921 (0.768 - 1.000) |
1.000 |
|
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|
HPV 45 MI |
4 |
5 |
0.662 (0.302 - 1.000) |
1.000 |
4 |
0.747 (0.408 - 1.000) |
1.000 |
2 |
2 |
0.497 (0.000 - 1.000) |
1.000 |
|
|
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|
HPV 31 |
41 |
39 |
0.885 (0.806 - 0.963) |
0.727 |
36 |
0.837 (0.742 - 0.931) |
0.227 |
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|
HPV 58 |
36 |
26 |
0.821 (0.714 - 0.928) |
0.020 |
23 |
0.757 (0.632 - 0.882) |
0.000 |
||||
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|
HPV 51 |
34 |
28 |
0.785 (0.667 - 0.902) |
0.146 |
21 |
0.702 (0.561 - 0.843) |
0.001 |
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|
HPV 52 |
33 |
21 |
0.474 (0.304 - 0.645) |
0.029 |
21 |
0.515 (0.347 - 0.683) |
0.023 |
||||
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|
HPV 66 |
28 |
27 |
0.820 (0.706 - 0.935) |
1.000 |
23 |
0.808 (0.686 - 0.930) |
0.180 |
||||
|
|
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|
HPV 53 |
28 |
11 |
0.486 (0.293 - 0.679) |
0.000 |
8 |
0.421 (0.221 - 0.621 |
0.000 |
||||
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|
HPV 39 |
25 |
17 |
0.796 (0.659 - 0.933) |
0.008 |
17 |
0.745 (0.594 - 0.896) |
0.021 |
||||
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|
HPV 33 |
21 |
22 |
0.825 (0.698 - 0.952) |
1.000 |
20 |
0.869 (0.756 - 0.982) |
1.000 |
||||
|
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|
HPV 56 |
21 |
29 |
0.739 (0.599 - 0.880) |
0.039 |
28 |
0.756 (0.618 - 0.894) |
0.065 |
||||
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|
HPV 59 |
20 |
10 |
0.651 (0.452 - 0.851) |
0.002 |
10 |
0.651 (0.452 - 0.851) |
0.002 |
||||
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|
HPV 35 |
12 |
11 |
0.955 (0.866 - 1.000) |
1.000 |
9 |
0.852 (0.688 - 1.000) |
0.250 |
||||
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|
HPV 68 |
10 |
9 |
0.620 (0.360 - 0.879) |
1.000 |
10 |
0.586 (0.326 - 0.847) |
1.000 |
||||
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|
HPV 73 |
9 |
4 |
0.608 (0.295 - 0.922) |
0.063 |
2 |
0.357 (0.000 - 0.717) |
0.016 |
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|
HPV 82 |
4 |
6 |
0.594 (0.231 - 0.956) |
0.625 |
6 |
0.797 (0.522 - 1.000) |
0.500 |
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|
HPV 26 |
2 |
2 |
0.497 (0.000 - 1.000) |
1.000 |
1 |
0.665 (0.048 - 1.000) |
1.000 |
||||
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"n": Number of cases HPV type-specific positive; "CI": Confidence interval. |
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|
GodÃnez et al. Infectious Agents and Cancer 2011 6:23 doi:10.1186/1750-9378-6-23 |
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